Metody analizy fosforylacji białek

Abstrakt

Fosforylacja i defosforylacja pełnią fundamentalną rolę w większości ścieżek sygnałowych, mogąc bezpośrednio regulować różne aspekty funkcji białka. Szacuje się, że w białkach kodowanych przez ludzki genom znajduje się około 100 000 potencjalnych miejsc fosforylacji, a około 30â50% wszystkich białek w komórce może być fosforylowane, co wiąże się bezpośrednio z pełnionymi przez nie funkcjami. W celu ustalenia, czy dane białko ulega fosforylacji, bada się ewentualne zmiany w jego ruchliwości wywołane przez tę modyfikację, w żelu poliakryloamidowym podczas elektroforezy (PAGE) jedno- i/lub dwukierunkowej. Natomiast tandemowa spektrometria mas (MS/MS) umożliwia określenie w nim konkretnego miejsca fosforylacji. Analiza in silico, czyli przeszukiwania dostępnych baz danych pozwala na przewidywanie, które kinazy mogą fosforylować konkretne miejsce w badanym białku, następnie tak uzyskane dane są weryfikowane na drodze doświadczalnej: in vitro i/lub in vivo.