Konformacje białek wielodomenowych i częściowo nieustrukturyzowanych – symulacje i eksperymenty

Abstrakt

Biologia strukturalna zajmuje się badaniem przestrzennych struktur makrocząsteczek takich jak białka, DNA, RNA oraz ich kompleksów w celu wyjaśnienia podstawowych mechanizmów ich działania. Wśród makrocząsteczek stanowiących obecnie największe wyzwania dla biologii strukturalnej są białka, które zbudowane są z kilku odrębnych domen połączonych długimi, nieustrukturyzowanymi odcinkami łańcucha polipeptydowego. Białka tego rodzaju pełnią wiele rozmaitych funkcji w organizmach żywych i jednocześnie są wyjątkowo trudne do scharakteryzowania za pomocą konwencjonalnych technik biologii strukturalnej. Ta luka w metodzie poznawczej doprowadziła niedawno do rozwoju tzw. metod hybrydowych, które wykorzystują nowatorskie metody obliczeniowe do łączenia danych z różnorodnych, wzajemnie uzupełniających się doświadczeń strukturalnych. Niniejsza praca poświęcona jest implementacji i wykorzystaniu metod hybrydowych. Zawiera między innymi szczegółowy opis sposobu, w jaki reprezentatywne struktury wielodomenowych białek uzyskiwane są metodą hybrydową o nazwie EROS (ang. Ensemble Refinement of SAXS).