Metody spektrometrii mas oparte o dane (DDA) oraz metody niezależne od danych (DIA) wykorzystywane w analizie materiału biologicznego

Autor

  • Marta Nolka-Szaszner Zakład ​​​​​Proteomiki Biomedycznej, Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Poznań
  • Aleksander Strugała Pracownia Spektrometrii Mas, Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Poznań
  • Łukasz Marczak Pracownia Spektrometrii Mas, Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Poznań

DOI:

https://doi.org/10.18388/pb.2021_535

Abstrakt

Spektrometria mas jest nieocenionym narzędziem w analizie proteomicznej, metabolomicznej i lipidomicznej. Dla pełnego wykorzystania jej potencjału, kluczowym jest wybranie i skonfigurowanie odpowiedniego podejścia analitycznego. W przypadku badań niecelowanych dostępne są dwie główne strategie: analiza zależna od danych (DDA) oraz analiza niezależna od danych (DIA). Obie metody różnią się sposobem przeprowadzenia analizy i stopniem pokrycia uzyskanych danych, dlatego każda z nich może znaleźć zastosowanie w różnych typach badań. Metoda DDA opiera się na bieżącym skanowaniu analizowanych jonów, w efekcie czego prekursory o najwyższej intensywności poddawane są fragmentacji. Z kolei technika DIA, dzięki zastosowaniu łączonych zakresów izolacji jonów prekursorowych, pozwala na głębszą analizę badanych związków. Oba podejścia można modyfikować usprawniając ich działanie i umożliwiając uzyskanie większej ilości danych. Na horyzoncie pojawiają się także metody łączące obie techniki, jak np. DDIA, która wykorzystuje zalety obu tych metod otwierając nowe możliwości analityczne.

Pobrania

Statystyki pobrań niedostępne.
streszczenie graficzne

Pobrania

Opublikowane

2024-07-01

Numer

Tom 70 Nr 2 (2024): Numer specjalny upamiętniający 35-lecie powstania Instytutu Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu i 30-lecie powołania Poznańskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego, pod redakcją Profesor Luizy Handschuh

Dział

Artykuły

Licencja

Prawa autorskie (c) 2024 Marta Nolka-Szaszner, Aleksander Strugała, Łukasz Marczak

Creative Commons License

Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Użycie niekomercyjne – Na tych samych warunkach 4.0 Międzynarodowe.

Zawartość kwartalnika jest rozpowszechniana na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa-Na tych samych warunkach 4.0 Międzynarodowe (CC BY-SA 4.0). Uznanie autorstwa — Utwór należy odpowiednio oznaczyć, podać link do licencji i wskazać jeśli zostały dokonane w nim zmiany . Możesz to zrobić w dowolny, rozsądny sposób, o ile nie sugeruje to udzielania przez licencjodawcę poparcia dla Ciebie lub sposobu, w jaki wykorzystujesz ten utwór. Na tych samych warunkach — Remiksując utwór, przetwarzając go lub tworząc na jego podstawie, należy swoje dzieło rozpowszechniać na tej samej licencji, co oryginał.

Prawa autorskie do prac © pozostają przy autorach.

Prawa autorskie do czasopisma ©  posiada Polskie Towarzystwo Biochemiczne.